Conversation
…ove sample table building
Remove hard coded conda environment from workflow_dispatcher.py
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| eval "$(/opt/mambaforge/bin/conda shell.bash hook)" | ||
| cd {workflow_path} | ||
| conda activate /projects/envs/conda/jzander/envs/snakemake_9_slurm |
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Can we find a better way than hard coded Conda environments?
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Good Point.
Ich könnte als spalte zu den "conda_env_path" zu den workflows/*.csv hinzufügen. Damit könnten wir dann auch easy eigene envs für bestimmte workflows benutzen.
Allerdings ist das ja nur das Env, dass den Workflow initial anstößt. Daher sollte es überall gleich sein.
Alternativ würde ich es hard gecoded lassen, es aber als Konstante definieren und diese in der README beschreiben.
Was findest Du besser? Hat beides Vor und Nachteile.
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ich würde mir morgen noch mal gedanken machen, ob es da vielleicht ne elegante lösung gibt. was hältst zu von einem Snakemake workflow als wrapper? 😜
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Ich plädiere für möglichst wenig Snakemake :D
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